“Minik Fil Heffalump”, Yüz Hektar Ormanı sakinlerinin bir sabah ormanın derinlerinden gelen tuhaf ve yüksek bir sesle uyanmalarıyla başlıyor. Kahramanlarımız bu sesin neye ait olduğunu anlamak için Bilge Tavşan’a giderler hep birlikte. Bilge Tavşan da onlara bu sesin iri ve hortumlu bir hayvan olan ‘heffalump’lara ait olabileceğini söyler. Kahramanlarımız hem korkuyla hem de önüne geçemedikleri bir merakla birkaç ‘heffalump’ avlamak için yola çıkarlar.
Aslında Yüz Hektar Ormanı’nda geçen her film kahramanlarımızdan birine odaklanır. Bu sefer annesiyle yaşayan ve arkadaş grubunun en genç üyesi olan küçük Roo hikayenin merkezinde. Peşlerine düştükleri esrarengiz canlıdan en çok çekinenlerden biri olan Roo minik fil yavrusu Lumpy ile karşılaşınca bu korkusunun yersiz olduğunu farkeder. Çünkü Lumpy de onun gibi bir çocuktur. Birlikte çok iyi dost olurlar. Ama Roo’nun annesi Lumpy’nin annesinin de onu aradığını ve onları bir araya getirmeleri gerektiğini küçük oğluna anlatır.